Антитела к протеиназе 3 начинают вырабатываться иммунной системой в случае патологического поражения сосудистых стенок. Тест на антитела к протеиназе 3 проводится при подозрении на гранулематоз Вегенера — тяжелое аутоиммунное заболевание, поражающее внутренние органы.